截至2024年5月，哈工大深圳校区设有11个学院、4个研究院。
计算机科学与技术学院
电子与信息工程学院
集成电路学院
机电工程与自动化学院
土木与环境工程学院
材料科学与工程学院
建筑学院
经济管理学院
理学院
人文与社会科学学院
马克思主义学院
空间科学与应用技术研究院
特殊环境物质科学研究院
智能海洋工程研究院
绿色制药工程研究院
